MCScanX, como passar o erro: make: *** [mcscanx] Error 1"

Erro:



" msa.cc: In function ‘void msa_main(const char*)’:
msa.cc:289:22: error: ‘chdir’ was not declared in this scope
if (chdir(html_fn)<0)
^
make: *** [mcscanx] Error 1"

Para passar esse erro:

Colocar a linha:

#include <unistd.h>

Nos arquivos:

• msa.h

• dissect_multiple_alignment.h

• detect_collinear_tandem_arrays.h

  Preparando arquivo gff3 do Phytozome para gff para o MCScanX:

  cat annotation.all_transcripts.all_features.ptr.gff3 | cut -f 1,4,5,9 | sed 's/ID=//g' | sed 's/;/\t/g' | grep "\tid=" | cut -f 1,2,3,4 | awk '{print $1" "$4" "$2" "$3}' > annotation.all_transcripts.all_features.ptr.gff 

  e 

  cat annotation.all_transcripts.all_features.ptr.gff | sed 's/ /\t/g' > annotation.all_transcripts.all_features.ptr_2.gff 

   Se for comparar dois genomas tem que colocar os dois gffs no mesmo arquivo?