script para o uso do trimmomatic - Projeto FLOR
#!/bin/bash #input = diretório com os arquivos no formato .fastq #outdir = diretóro de saída dos arquivos do Trimmomatic #base_out = diretório de saída input="$1" if [ ! ${input} ] then echo "Missing input directory" exit else if [ ! -d ${input} ] then echo "Wrong input path (${input})." exit fi fi outdir="$2" if [ ! ${outdir} ] then outdir="." else if [ ! -d ${outdir} ] then echo "Output directory is missing" exit fi fi ##criando diretórios de saída # diretório base de saída base_out="${outdir}/trimmomatic" #diretório para os logs de saída log_directory="${base_out}/logs" #diretório para as sequências trimadas resultantes result_dir="${base_out}/output" #criar diretórios para as saídas: mkdir -p ${base_out} mkdir -p ${