Postagens

Mostrando postagens de 2021

tbl2asn

 tbl2asn -t ../template_CPs.sbt -i Uf_v2.fasta -j "[organism=Utricularia ] [voucher=xxxx]" -f U_nw. tbl  -V vb

separando genoma em arquivos menores (5000 sequências em cada arquivo), no exemplo.

 awk 'BEGIN {n_seq=0;} /^>/ {if(n_seq%5000==0){file=sprintf("myseq%d.fa",n_seq);} print >> file; n_seq++; next;} { print >> file; }' < Athaliana_447_Araport11.protein_primaryTranscriptOnly_renamed.fa

Média da primeira coluna usando awk

 awk '{ total += $1 } END { print total/NR }'