srsilva Notas

Pegar arquivos "nome ebps" para a pasta atual ln -s */ebps*.fasta .

Erro: " msa.cc: In function ‘void msa_main(const char*)’: msa.cc:289:22: error: ‘chdir’ was not declared in this scope if (chdir(html_fn)<0) ^ make: *** [mcscanx] Error 1" Para passar esse erro: Colocar a linha:   #include <unistd.h> Nos arquivos: msa.h dissect_multiple_alignment.h detect_collinear_tandem_arrays.h   Preparando arquivo gff3 do Phytozome para gff para o MCScanX:   cat annotation.all_transcripts.all_features.ptr.gff3 | cut -f 1,4,5,9 | sed 's/ID=//g' | sed 's/;/\t/g' | grep "\tid=" | cut -f 1,2,3,4 | awk '{print $1" "$4" "$2" "$3}' > annotation.all_transcripts.all_features.ptr.gff  e cat annotation.all_transcripts.all_features.ptr.gff | sed 's/ /\t/g' > annotation.all_transcripts.all_features.ptr_2.gff   Se for comparar dois genomas tem que colocar os dois gffs no mesmo arquivo?  

Para verificar nomes de plantas e família: http://tnrs.iplantcollaborative.org/TNRSapp.html