srsilva Notas

MITObim_1.8.pl -sample Ugraminifolia -ref rbcL_Ugibba -readpool cp-reads.interleaved.fastq --paired --quick SSC-Ugraminifolia.fas

#!/bin/bash #input = diretório com os arquivos no formato .fastq #outdir = diretóro de saída dos arquivos do Trimmomatic #base_out = diretório de saída input="$1" if [ ! ${input} ] then         echo "Missing input directory"         exit else         if [ ! -d ${input} ]         then                 echo "Wrong input path (${input})."                 exit         fi fi outdir="$2" if [ ! ${outdir} ] then         outdir="." else         if [ ! -d ${outdir} ]         then                 echo "Output directory is missing"                 exit         fi fi ##criando diretórios de saída # diretório base de saída base_out="${outdir}/trimmomatic" #diretório para os logs de saída log_directory="${base_out}/logs" #diretório para as sequências trimadas resultantes result_dir="${base_out}/output" #criar diretórios para as saídas: mkdir -p ${base_out} mkdir -p ${