script para o uso do trimmomatic - Projeto FLOR

#!/bin/bash
#input = diretório com os arquivos no formato .fastq
#outdir = diretóro de saída dos arquivos do Trimmomatic
#base_out = diretório de saída

input="$1"

if [ ! ${input} ]
then
        echo "Missing input directory"
        exit
else

        if [ ! -d ${input} ]
        then
                echo "Wrong input path (${input})."
                exit
        fi
fi

outdir="$2"

if [ ! ${outdir} ]
then
        outdir="."
else
        if [ ! -d ${outdir} ]
        then
                echo "Output directory is missing"
                exit
        fi
fi

##criando diretórios de saída
# diretório base de saída
base_out="${outdir}/trimmomatic"

#diretório para os logs de saída
log_directory="${base_out}/logs"

#diretório para as sequências trimadas resultantes
result_dir="${base_out}/output"

#criar diretórios para as saídas:
mkdir -p ${base_out}
mkdir -p ${log_directory}
mkdir -p ${result_dir}

# Listar arquivos fastq

for fastq1 in `ls ${input}*_1*.fastq`; do
        fastq2=`echo ${fastq1} | sed 's/_1/_2/'`;
        fqname1=`basename ${fastq1} .fastq`
        fqname2=`basename ${fastq2} .fastq`
        fqbase=`basename ${fastq1} | sed 's/_1//'`

        java -jar trimmomatic-0.38.jar PE \
        -trimlog ${log_directory}/${fqbase}.log_file.txt \
        -baseout ${result_dir}/${fqbase} \
        ${fastq1} \
        ${fastq2} \
        ILLUMINACLIP:/home/srsilva/programs/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq-dgpinheiro-small.fa:5:1:15:1:true \
        SLIDINGWINDOW:3:20 \
        AVGQUAL:30 \
        MINLEN:15

done