srsilva Notas

MITObim_1.8.pl -sample Ugraminifolia -ref rbcL_Ugibba -readpool cp-reads.interleaved.fastq --paired --quick SSC-Ugraminifolia.fas

#!/bin/bash #input = diretório com os arquivos no formato .fastq #outdir = diretóro de saída dos arquivos do Trimmomatic #base_out = diretório de saída input="$1" if [ ! ${input} ] then         echo "Missing input directory"         exit else         if [ ! -d ${input} ]         then                 echo "Wrong input path (${input})."                 exit         fi fi outdir="$2" if [ ! ${outdir} ] then         outdir="." else         if [ ! -d ${outdir} ]         then            ...