Linha Perl para tirar x bases {50} do começo e do final das sequências - Usei para arquivo xml do BEAST
cat infile.xml | perl -lane ' if ($_=~/^(\s+)[ACGTN-]+/) { my $s=$1; $_=~s/^\s+[ACGTN-]{50}/$s/; $_=~s/[ACGTN-]{50}\s*$//; print $_; } else { print $_; } ' > infile_modificadomenosN.xml